O secretário de controle interno é nomeado pelo presidente da Câmara dos Deputados — após escolha pelo voto da maioria absoluta dos membros da Mesa Diretora — entre servidores públicos de carreira técnica ou profissional da Câmara dos Deputados que atendam aos mesmos requisitos previstos na Constituição Federal (CF) para a nomeação dos ministros do TCU.
A Secretaria de Controle Interno, na qualidade de órgão que exerce controle preventivo de natureza contábil, financeira, patrimonial e operacional, não possui quadro de pessoal específico, sendo suas atividades, normalmente, desempenhadas por servidores efetivos da Câmara dos Deputados e do TCU que integrem carreira técnica ou profissional relacionada com o tema.
O prejuízo comprovadamente causado por parlamentar, servidor ou terceiros ao erário ou ao patrimônio da Câmara dos Deputados, tenha ele decorrido de ato culposo ou de ato doloso, constitui débito junto à Casa.