A avaliação de desempenho dos programas, a emissão de parecer prévio e o julgamento das contas dos gestores, no âmbito federal, são competências
Do terço dos ministros do TCU cuja escolha incumbe ao presidente da República, apenas um é de sua livre escolha, pois os demais são indicados entre os auditores e os membros do Ministério Público junto ao tribunal
O TCU, ainda que na qualidade de órgão auxiliar do Congresso Nacional, dispõe de uma Secretaria de Controle Interno, que, entre outras competências, está incumbida de apoiar o controle externo e, até, representar ao presidente do tribunal em caso de ilegalidade ou irregularidade constatada.
Ratificando disposições dos anos anteriores, a lei de diretrizes orçamentárias de 2009 prevê a suspensão de obras e serviços com indícios de irregularidades graves, que devem ser apontados em informação prestada pelo TCU. Esses indícios são caracterizados por situações que constituam graves desvios em relação a princípios tais como a publicidade e a eficiência, aplicáveis à administração pública.
Quando a União repassa recursos aos demais entes da Federação mediante convênios ou instrumentos congêneres, o TCU examina as prestações de contas dos órgãos ou das entidades repassadores, mas não pode examinar as contas de entes beneficiários dos recursos relativos àquelas transferências em obediência ao princípio da autonomia federativa.