De acordo com o Regimento Interno do Deinfra (Decreto n° 1.023/2008), a estrutura organizacional básica do Departamento Estadual de Infraestrutura compreende alguns órgãos.
A Diretoria de Obras Civis, Diretoria de Obras de Transportes, Diretoria de Manutenção e Operação e Superintendências são consideradas órgãos de:
- A Administração.
- B Atividade-Meio.
- C Atividade Finalística.
- D Deliberação Coletiva.
- E Assessoramento ao Presidente.