Segundo estabelece o Regimento Interno do Tribunal de Contas do Município de São Paulo, são órgãos do Tribunal de Contas:
- A Plenário; Primeira, Segunda e Terceira Turma; e, Relatoria.
- B Plenário; Primeira, Segunda e Terceira Seção; e, Gabinete do Conselheiro.
- C Tribunal Pleno; Primeira e Segunda Câmaras; e, Gabinete do Conselheiro.
- D Câmaras Reunidas; Primeira e Segunda Câmaras; e, Juiz Singular.
- E Tribunal Pleno; Primeira e Segunda Câmaras; e, Juiz Singular.